對于國外的MBA我的了解并不是非常深入，但對于國內的MBA我看到的最大的問題（也可能是和國外MBA最大的差距）在與體制造成的教育思路差異以及整合優秀師資的能力。
第一點，教育思路的問題其實來源于歷史原因
中國MBA的是從80年代初開始的，到現在為之也僅僅三十年歷史，國外的MBA教育已經有百年的歷史，在伴隨西方經濟成長的過程中，以MBA為代表的商科教育經歷了不斷的修正和完善，基本上形成了一套成熟的符合西方經濟發展的教育思路。而中國的MBA教育起初作為研究生教育的一種，是歸屬與整個中國研究生教育體制的一部分的，而中國原本的教育體制是為計劃經濟服務的，后來經濟上轉型以后，教育模式的轉型相對滯后。這對于研究型的普通研究生教育項目來說問題還不明顯，但對于要緊密和市場和經濟鏈接的MBA教育來說就是一個非常大的問題。從我和中國商學院的決策層執行層接觸的經驗來看，他們中還有相當一部分，在用傳統的教育學術性研究生的思路在辦MBA教育。
即使，一部分商學院的院長希望深度改革自己的辦學模式（比如招生模式），也會遇到政策上的障礙，要顧慮到全校一盤棋的一些政策，現在即使MBA教育指導委員會希望改革MBA教育中的一些環節，也會遇到其它專業學位的阻力。比如，MBA招生目前還在采用每年考試1次，成績一年有效這樣的模式，而不是采用類似GMAT的一次考試，在期限內有效的模式。 所以，MBA教育思路上的滯后，是來源于體制層面的歷史原因造成，要改變這樣的情況需要時間。 So，中歐商學院（北京、上海和深圳）、長江商學院（北京、上海、深圳、西安和成都）、上海交大—法國KEDGE商學院、中國礦大-加拿大魁北克（北京）等這些的體制外商學院MBA發展勢頭很好，這方面的原因是最主要的。
第二點，師資
其實師資的問題還可以理解為學術的問題。總體上，國內的MBA師資水平，學術水平還在一個起步期。除了頂尖的幾個商學院以外，絕大部分的中國商學院的整體師資水平都無法滿足MBA學生在學術上對MBA教育的要求。MBA教育不同于普通碩士研究生教育的最大區別之一在于，學生們不僅僅需要在理論上有扎實功底的概念型老師，還需要在商業現實中有豐富實踐的經驗型導師，更理想的話還需要有可以分享商業智慧的藝術型導師。在明茲博格的《管理者而非MBA》這本書中也提到過類似的三個維度。對于MBA這樣的綜合商科教育來說，對師資和學術整體要求是全方位的。首先需要國內商學院的決策者有決心從原有相對迂腐的師資選拔體制中沖出來，其次，需要時間。 但整個MBA教育中，師資的確是一個非常重要但又容易被忽視的一個關鍵點。
所以，對于問題中提到的最大區別，我的看法就是這樣。但這個回答也許不具備對現實的指導意義，怎么選擇一個適合自己的MBA項目，也許我們可以在以后探討。
自主招生MBA打破了這一體制內的格局， 目前我國通過自主招生MBA這一渠道獲得碩士學位的方式：中外合作MBA或者海外商學院國內辦學MBA，按照國際通行的標準進行自主招生的模式，部分院校也實行直接面試。畢業可可獲得海外碩士學位證書，教育部權威認證其學歷學位，國際公認。這一渠道的開通，有效滿足了我國在職人員對高層次學位教育的迫切需求，為我國高層次應用型專門人才的培養和終身學習型社會的建設做出了積極的貢獻。
